Marin FK ble høsten 2008 startet opp av initiativtaker Atle Fossestøl. Som han skrev det selv: "Vi har lyst til å danne et eget seriøst fotballag som skal spille i femte divisjon. Maskin, Indøk, Bygg, Petroleum TILOGMED Fysmat har lag! Rett og slett flaut at Marin enda ikke har turt å vise sin styrke i denne prestisjefylte divisjonen."

Laget begynte med treninger høsten 2008 på Eberg grus. Til sesongen 2009 ble Marin Fotballklubb Tyholt for første gang meldt på seriesystemet og havnet i 5 divisjon avdeling 11 i Trøndelag. For å starte opp laget søkte Marin FK midler fra SiT. Her fikk de en oppstartsstøtte på 20.000 som ble brukt på å melde på laget i seriesystemet samt innkjøpt av drakter og diverse nødvendig utstyr. I tillegg fikk laget støtte på 10 000 fra Rolls Royce.

Før sesongen startet spilte Marin FK sin første kamp noensinne på Tempe Kunstgress lørdag 14 mars 2009 mot Realkameratene. Kampen endte med 1-7 tap, og Marin FK's første målscorer ble Børge Skøyen.

Seriedebuten kom tirsdag 24 mars 2009 mot Janus. Denne kampen endte med 0-5 tap. Lagets første seier kom torsdag 23 april mot erkerival Smøreguttene. Resultatet ble 2-1. Vårsesongen endte til slutt med 1 seier, 1 uavgjort og 5 tap.

Etter vårsesongen reiste Atle Fossestøl på utenlandsstudier til USA. Han valgte David Nygård til ny leder for Marin FK. Med seg fikk han Sindre Nonstad som nestleder.

Høstsesongen ble preget av at mange spillere forsvant på utenlandsstudier, samtidig som det kom inn mange nye spillere. Fasiten ble 1 seier, 3 uavgjort og 4 tap. Laget ble nummer 12 av 15.

Foran sesongen 2010 ble det gjort en del endringer i Marin FK. Det ble opprettet et styre for klubben bestående av 5 personer. Dette for å lette arbeidsmengden på leder og nestleder. I tillegg ble Marin FK registrert i Brønnøysundregisteret slik at man kunne opprette en egen klubbkonto. Sponsoravtalen med Rolls Royce ble og forlenget med 3 år mot at de fikk bruke logoen sin på drakten.

Klubbens første årsmøte ble holdt 20 februar 2010. Her ble viktige saker for klubben diskutert. Til slutt var det valg av styre for 2010. Her ble David Nygård valgt til leder. Sindre Nonstad ble valgt til nestleder. Magnus Rosvoll ble valgt til kasserer. Daniel Nordås og Børge Skøyen ble valgt inn som styremedlemmer.

Fredag 23 april 2010 ble en merkedag for Marin Fotballklubb. På generalforsamlingen til Mannhullet ble Marin FK stemt inn som en undergruppe med overveldende flertall!